調査のフローは、その調査目的や状況によって変わりますが、概ね以下に示す流れで進んでいきます。
対策工事まで行うためには、その事前の調査結果が非常に重要であり、対策工事のコストも大きく左右することもあるので、慎重かつ正確な調査が必要となります。

以下に、土壌汚染調査フローの例を示します。

1.環境庁の指針に基づき資料等調査⇒概況調査⇒詳細調査の手順で調査を実施する。
　　
2.最初に現地視察を含めたPhase1調査（ヒアリング・現地視察）を行い、分析項目からの対象物質を絞込みする。

3.敷地の全域を対象とし、有害物質の使用履歴場所を中心に選点するが、詳細が不明の場合は業種の特徴を考慮する。
　
4.概況調査は表層土壌の土壌ガス調査及び土壌分析を行う。これらの分析で対象物質が検出、あるいは基準を超えた場合、詳細調査に進む。敷地の形状を踏まえ、メッシュ間隔を調整する。

5.詳細調査(ボーリング）は概況調査の検出エリアで行い、その深さは不圧帯水層下端（８ｍまで）とし、掘削後に地下水を採取する。
　
6.油の調査は計画しないが、概況調査で顕著な状況が明らかとなれば随時･検討する